Thủ tục thuế ban đầu sau khi thành lập công ty: Checklist việc cần làm

Sau khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, nhiều chủ doanh nghiệp cho rằng công việc pháp lý đã hoàn tất và có thể bắt tay ngay vào kinh doanh. Thực tế, đây mới chỉ là bước khởi đầu. Trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp có mã số doanh nghiệp, mã số này đồng thời là mã số thuế của doanh nghiệp. Kể từ thời điểm đó, doanh nghiệp phát sinh hàng loạt nghĩa vụ ban đầu với cơ quan thuế và các cơ quan liên quan. Nếu bỏ sót, doanh nghiệp có thể bị xử phạt chậm nộp tờ khai, bị khóa mã số thuế, thậm chí bị coi là không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký. Bài viết này tổng hợp thành một checklist các đầu việc cần làm ngay, kèm thời hạn tương ứng theo quy định hiện hành, để doanh nghiệp mới thành lập hoạt động hợp pháp và chủ động tuân thủ.

Vì sao cần làm thủ tục thuế ban đầu ngay sau khi thành lập?

Việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp chỉ xác lập tư cách pháp nhân và ghi nhận thông tin đăng ký của doanh nghiệp. Để thực sự đi vào hoạt động, phát hành hóa đơn cho khách hàng, kê khai và nộp thuế, doanh nghiệp cần hoàn tất một loạt thủ tục ban đầu. Điểm mấu chốt là hầu hết các đầu việc này đều có thời hạn: một số gắn với thời điểm được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, một số gắn với kỳ khai thuế đầu tiên. Chậm trễ không chỉ khiến hoạt động kinh doanh bị gián đoạn mà còn dẫn tới rủi ro bị xử phạt hành chính. Vì vậy, ngay trong những tuần đầu sau khi thành lập, doanh nghiệp nên rà soát toàn bộ danh mục công việc dưới đây và sắp xếp thứ tự thực hiện hợp lý.

Checklist đầu việc và thời hạn tương ứng

Bảng dưới đây tóm tắt các đầu việc chính mà doanh nghiệp mới thành lập cần thực hiện, cùng mốc thời hạn mang tính tham khảo theo quy định hiện hành. Các phần tiếp theo sẽ phân tích chi tiết từng mục.

Lưu ý: các mốc thời hạn cụ thể có thể thay đổi theo văn bản pháp luật hiện hành, doanh nghiệp nên đối chiếu quy định tại thời điểm thực hiện hoặc tham khảo ý kiến người phụ trách kế toán, đơn vị tư vấn.

Đăng ký chữ ký số

Chữ ký số (thường gọi là token hoặc chứng thư số) là công cụ định danh điện tử của doanh nghiệp trong các giao dịch với cơ quan nhà nước. Đây gần như là đầu việc đầu tiên cần hoàn tất, bởi phần lớn các thủ tục còn lại đều thực hiện trực tuyến và cần chữ ký số để xác thực. Doanh nghiệp sử dụng chữ ký số để kê khai và nộp thuế điện tử, ký hóa đơn điện tử, kê khai bảo hiểm và nhiều thủ tục hành chính khác. Doanh nghiệp đăng ký mua chữ ký số tại các tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số được cấp phép, sau đó thực hiện thủ tục đăng ký để chữ ký số hợp lệ với cơ quan thuế. Nên hoàn tất bước này sớm để không làm chậm các đầu việc phụ thuộc phía sau.

Mở tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp

Doanh nghiệp cần mở tài khoản ngân hàng đứng tên doanh nghiệp để phục vụ giao dịch và nộp thuế. Tài khoản này dùng để nộp thuế điện tử thông qua liên kết với cơ quan thuế, đồng thời phục vụ các giao dịch thanh toán. Một điểm quan trọng liên quan đến chi phí và thuế: đối với các giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên, việc thanh toán không dùng tiền mặt qua tài khoản ngân hàng là một trong những điều kiện để được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào và tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Vì vậy, tài khoản ngân hàng không chỉ để tiện giao dịch mà còn gắn với quyền lợi về thuế của doanh nghiệp.

Về nghĩa vụ thông báo tài khoản, quy định đã thay đổi qua các thời kỳ. Trước đây doanh nghiệp phải thông báo số tài khoản ngân hàng với cơ quan đăng ký kinh doanh. Theo quy định hiện hành, việc bắt buộc thông báo tài khoản ngân hàng với cơ quan đăng ký kinh doanh như quy định cũ không còn được đặt ra. Dù vậy, doanh nghiệp vẫn nên khai báo, cập nhật thông tin tài khoản theo yêu cầu của cơ quan thuế và ngân hàng khi đăng ký nộp thuế điện tử, và nên đối chiếu quy định hiện hành tại thời điểm thực hiện để chắc chắn.

Đăng ký nộp thuế điện tử

Sau khi có chữ ký số và tài khoản ngân hàng, doanh nghiệp thực hiện đăng ký nộp thuế điện tử với cơ quan thuế và với ngân hàng nơi mở tài khoản. Việc này cho phép doanh nghiệp nộp các khoản thuế trực tiếp trên môi trường điện tử, thay vì phải nộp tiền mặt hay chuyển khoản thủ công tại kho bạc. Quy trình thường gồm đăng ký sử dụng dịch vụ thuế điện tử trên Cổng thông tin của cơ quan thuế, sau đó đăng ký ủy quyền trích nợ tài khoản với ngân hàng để nộp thuế. Hoàn tất bước này giúp doanh nghiệp chủ động nộp lệ phí môn bài, thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp và các khoản khác đúng hạn.

Khai lệ phí môn bài

Lệ phí môn bài là khoản thu mà doanh nghiệp phải kê khai sau khi thành lập. Có một điểm ưu đãi quan trọng mà doanh nghiệp mới nên nắm rõ: theo quy định hiện hành, doanh nghiệp mới thành lập được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu tiên. Tuy nhiên, được miễn nộp tiền không đồng nghĩa với được miễn nộp tờ khai. Doanh nghiệp vẫn phải nộp tờ khai lệ phí môn bài theo thời hạn quy định. Việc bỏ sót tờ khai này là lỗi khá phổ biến ở doanh nghiệp mới và có thể dẫn tới bị xử phạt về hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế, dù bản thân số tiền lệ phí được miễn. Từ năm thứ hai trở đi, doanh nghiệp nộp lệ phí môn bài theo mức tương ứng với vốn điều lệ đã đăng ký. Bạn có thể tham khảo thêm bài viết chi tiết về lệ phí môn bài để nắm mức nộp và thời hạn cụ thể.

Đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử

Theo quy định về hóa đơn điện tử, doanh nghiệp phải sử dụng hóa đơn điện tử khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ. Trước khi xuất hóa đơn đầu tiên, doanh nghiệp cần đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử với cơ quan thuế qua Cổng thông tin và chờ cơ quan thuế chấp nhận. Doanh nghiệp lựa chọn nhà cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử phù hợp, khởi tạo mẫu hóa đơn, đăng ký thông tin sử dụng, và chỉ được phát hành hóa đơn sau khi việc đăng ký được chấp nhận. Việc sử dụng hóa đơn điện tử cũng gắn với chữ ký số đã đăng ký ở bước đầu, vì hóa đơn điện tử cần được ký số khi phát hành. Doanh nghiệp nên hoàn tất thủ tục này sớm nếu dự kiến phát sinh doanh thu ngay sau khi thành lập.

Chọn phương pháp tính thuế giá trị gia tăng và chế độ kế toán

Doanh nghiệp cần xác định phương pháp tính thuế giá trị gia tăng áp dụng cho mình: phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp trực tiếp. Lựa chọn này ảnh hưởng đến cách xuất hóa đơn, cách kê khai và nghĩa vụ thuế, nên cần cân nhắc phù hợp với quy mô, ngành nghề và khả năng đáp ứng điều kiện của từng phương pháp. Song song, doanh nghiệp lựa chọn chế độ kế toán áp dụng phù hợp với quy mô của mình và, nếu có tài sản cố định, đăng ký phương pháp khấu hao tài sản cố định với cơ quan thuế theo quy định. Những lựa chọn này thường được thể hiện ngay trong kỳ khai thuế đầu tiên, do đó doanh nghiệp nên trao đổi với người phụ trách kế toán để quyết định đúng ngay từ đầu, tránh phải điều chỉnh về sau.

Bố trí kế toán, treo biển hiệu và kê khai thuế đúng kỳ

Doanh nghiệp cần bố trí người phụ trách kế toán hoặc kế toán trưởng theo quy định, hoặc sử dụng dịch vụ kế toán bên ngoài, để bảo đảm việc ghi chép sổ sách và kê khai thuế được thực hiện đầy đủ. Một đầu việc thường bị xem nhẹ nhưng lại bắt buộc là treo biển hiệu tại trụ sở của doanh nghiệp. Việc không có biển hiệu tại địa chỉ đăng ký có thể khiến cơ quan thuế khi kiểm tra coi doanh nghiệp là không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, dẫn tới rủi ro bị khóa mã số thuế. Do đó, biển hiệu nên được treo ngay khi doanh nghiệp bắt đầu hoạt động tại trụ sở.

Cuối cùng, doanh nghiệp phải kê khai thuế đúng kỳ. Tùy quy mô và loại thuế, doanh nghiệp kê khai theo kỳ tháng hoặc kỳ quý đối với thuế giá trị gia tăng, tạm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định, nộp các báo cáo định kỳ và thực hiện quyết toán thuế năm. Ngay cả khi trong kỳ chưa phát sinh doanh thu, doanh nghiệp vẫn có thể phải nộp tờ khai thuế theo diện không phát sinh, tùy quy định. Việc theo dõi lịch kê khai và nộp đúng hạn là yếu tố then chốt để tránh bị phạt.

Rủi ro nếu bỏ sót các thủ tục ban đầu

Bỏ sót các đầu việc nêu trên có thể dẫn tới nhiều hậu quả bất lợi. Phổ biến nhất là bị xử phạt do chậm nộp hoặc không nộp tờ khai thuế, kể cả với những tờ khai tưởng chừng đơn giản như tờ khai lệ phí môn bài. Nghiêm trọng hơn, nếu doanh nghiệp không kê khai trong thời gian dài, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc không phản hồi cơ quan thuế, doanh nghiệp có thể bị khóa mã số thuế và bị coi là bỏ địa chỉ kinh doanh. Khi đó, doanh nghiệp không thể xuất hóa đơn, gặp khó khăn trong giao dịch và phải thực hiện thủ tục khôi phục phức tạp, tốn thời gian và chi phí. Vì vậy, việc chủ động hoàn tất và duy trì các nghĩa vụ ban đầu vừa giúp doanh nghiệp hoạt động thông suốt, vừa hạn chế rủi ro pháp lý về sau.

Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp mới thành lập có phải nộp lệ phí môn bài không?

Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp mới thành lập được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu tiên. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải nộp tờ khai lệ phí môn bài theo thời hạn quy định. Từ năm thứ hai, doanh nghiệp nộp lệ phí môn bài theo mức tương ứng với vốn điều lệ đã đăng ký.

Có bắt buộc thông báo tài khoản ngân hàng với cơ quan đăng ký kinh doanh không?

Theo quy định hiện hành, việc bắt buộc thông báo tài khoản ngân hàng với cơ quan đăng ký kinh doanh như quy định cũ không còn được đặt ra. Dù vậy, doanh nghiệp vẫn cần khai báo, cập nhật thông tin tài khoản khi đăng ký nộp thuế điện tử với cơ quan thuế và ngân hàng, và nên đối chiếu quy định hiện hành tại thời điểm thực hiện.

Chưa phát sinh doanh thu thì có phải kê khai thuế không?

Trong nhiều trường hợp, ngay cả khi chưa phát sinh doanh thu, doanh nghiệp vẫn phải nộp tờ khai thuế theo kỳ đối với loại thuế tương ứng, kể cả tờ khai không phát sinh. Việc không nộp tờ khai đúng hạn có thể bị xử phạt, do đó doanh nghiệp nên theo dõi kỹ lịch kê khai.

Vì sao phải treo biển hiệu tại trụ sở?

Treo biển hiệu tại trụ sở là yêu cầu bắt buộc. Nếu không có biển hiệu, khi kiểm tra, cơ quan thuế có thể coi doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, dẫn tới rủi ro bị khóa mã số thuế và xử lý theo diện bỏ địa chỉ kinh doanh.

Nên làm các thủ tục thuế ban đầu theo thứ tự nào?

Trình tự hợp lý thường là: đăng ký chữ ký số, mở tài khoản ngân hàng, đăng ký nộp thuế điện tử, sau đó đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, khai lệ phí môn bài, lựa chọn phương pháp tính thuế và chế độ kế toán, đồng thời bố trí kế toán, treo biển hiệu và bắt đầu kê khai thuế đúng kỳ. Nhiều đầu việc phụ thuộc lẫn nhau nên hoàn tất chữ ký số và tài khoản ngân hàng trước sẽ thuận lợi hơn.

Kết luận

Hoàn tất thủ tục thuế ban đầu là bước không thể bỏ qua để doanh nghiệp mới thành lập hoạt động hợp pháp và tránh rủi ro bị xử phạt. Do có nhiều đầu việc với các mốc thời hạn khác nhau, doanh nghiệp nên lập một lịch tuân thủ ngay từ đầu, đánh dấu từng công việc đã hoàn thành và theo dõi kỳ kê khai định kỳ. Vì các quy định về thuế, hóa đơn và lệ phí có thể được sửa đổi, bổ sung, doanh nghiệp nên đối chiếu văn bản hiện hành tại thời điểm thực hiện. Nếu chưa có bộ phận kế toán hoặc muốn bảo đảm không bỏ sót thủ tục nào, doanh nghiệp có thể cân nhắc sử dụng dịch vụ tư vấn. Bạn có thể tham khảo dịch vụ thành lập doanh nghiệp của LTV Law để được hỗ trợ trọn gói từ khâu đăng ký đến hoàn tất các thủ tục thuế ban đầu, phù hợp với tình huống cụ thể của doanh nghiệp.